Das Kirchenzentrum Putzbrunn umfasst die alte katholische Kirche St. Stephan, die neue Pfarrkirche St. Stephan, das Pfarrbüro im neuen Pfarrhaus, einen gemeinsamen Kirchturm mit dem evangelischen Gemeindestützpunkt St. Martin, Kirche, Pfarrsaal und Jugendräume, den katholischen Pfarrsaal und Jugendräume, Pfadfinderräume für die DPSG Putzbrunn Arche Noah, eine KITA mit Kindergarten und Hort, und Wohnungen im evang. und kath. Bereich.
Pfarrkirche St. Stephan
Nach fast 20-jähriger Planung wurde 1991 der Grundstein gelegt und am 26. September 1993 durch Herrn Weihbischof Dr. Ernst Tewes unser Kirchenzentrum und die neue Pfarrkirche St. Stephan geweiht. Der Kirchenbau ist modern, einem Zeltdach ähnlich mit viel Licht. Das Altarbild, nach der Farbenlehre von Wasiliy Kandinsky, erzählt das Martyrium von Stephanus.
Alte St. Stephankirche
Die alte katholische St. Stephankirche wurde ab 1723 unter der Leitung des Klosters Weyarn erbaut, ausgestattet und im August 1725 geweiht. Bis zur Erhebung zur Pfarrei 1954 war St. Stephan Putzbrunn eine Filialgemeinde der katholischen Pfarrei Ottendichl. Während der letzten 300 Jahre wurde der Kirchenfriedhof erweitert und mehrere Kirchenrenovierungen für die historische und denkmalgeschützte Kirche durchgeführt. Bis heute wird die Kirche für vielfältige Anlässe genutzt.
Gemeindestützpunkt St. Martin
Die evangelische Kirche St. Martin war der Putzbrunner Gemeindestützpunkt der evang.-luth. Kirchengemeinde Jubilatekirche München Waldperlach-Putzbrunn. St.Martin wurde Ende November 2025 geschlossen.
Die Grundsteinlegung fand 1991 mit dem Bau des Kirchenzentrums statt. Die Ausführung wurde vom Planungsbüro Dobler geleitet.
Die Orgel, erbaut von Josef Maier, wurde 1996 geweiht.
Das Altarbild wurde 1993 von der Künstlerin Julia Elsässer entworfen und gestaltet. Die Principalia (Altar, Ambo, Taufbecken, Kerzenleuchter und Altarkreuz) stammten vom Bildhauer Wolfgang Eckert. Der Namenspatron der Kirche, der Heilige Martin, befand sich im Vorraum der Kirche; er war von Leo Maroder aus Südtirol geschnitzt worden.